徐淑坦(副教授)

发布者:裴丽娜发布时间:2023-12-25浏览次数:26

一、个人概况

• 徐淑坦,男,上海海洋大学信息学院,数据科学与大数据技术专业,副教授。

• 在生物信息学顶会RECOMBComputational and Structural Biotechnology Journal等杂志发表论文10余篇。

• 开发了多个生物信息学软件和生物大数据库,包括虚拟药物筛选软件modedock,癌症数据库tumorsurvival.org,  海洋生物基因组数据库ogd.shou.edu.cn,单细胞测序数据库singlecell.ogd.shou.edu.cn


二、毕业院校及专业

  吉林大学,计算机科学与技术,本硕博


三、海外学习经历

  2015/09-2018/10,美国佐治亚大学,生物化学与分子生物系,博士后


四、研究方向

  生物信息学,生物大数据挖掘


五、主讲课程

数据库原理与技术,数据挖掘,生物大数据


、论文

(1)  Shutan Xu; Yuan Feng; Shaying Zhao ; Proteins with Evolutionarily  Hypervariable Domains are Associated with Immune Response and Better  Survival of Basal-like Breast Cancer Patients, Computational and  Structural Biotechnology Journal, 2019, 17: 430-440

(2)  Shutan Xu; Shuxue Zou; Lincong Wang ; A Geometric Clustering Algorithm  with Applications to Structural Data, Journal of computational biology,  2015, 22(5): 436-450

(3)  Chen Cao; Shutan Xu ; Improving the performance of the PLB index for  ligand-binding site prediction using dihedral angles and the  solvent-accessible surface area, Scientific Reports, 2016, 6: 33232

(4) Shutan Xu; Yinhui Leng; Guofu  Feng, Chenjing Zhang, Ming Chen ; A gene pathway enrichment method  based on improved TF-IDF algorithm, Biochemistry and Biophysics Reports,  2023.06


七、学术著作与教材

 陈明,张晨静,徐淑坦等. Python程序设计基础(普通高等教育农业农村部十三五规划教材)中国农业出版社ISBN97871092903582022.01


八、承担主要科研项目

1、纵向课题

[1]. 鱼类抗冻基因的生物信息学研究与数据库构建,上海海洋大学科技发展专项基金,主持,2021-2023年,经费10

[2]. 南极鱼抗冻基因生物信息学研究与基因组数据库构建. 水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室课题。主持,2021-2022.


九、联系方式电子邮箱:stxu@shou.edu.cn